למים מזוקקים יש הגדרה מדויקת- אלו מים שעברו סינון וזיקוק ואין בהם מלחים.
גם מי גשמים טהורים ומי המסת קרחונים נחשבים מים מזוקקים (טבעיים) אך כיום בגלל זיהום המים נוטים לספוח גורמים שונים ורמת הניקיון שלהם מוטלת בספק. המים עברו ניקויים ממינרלים, חלקיקים ומלחים שונים. בתהליך הזיקוק, מתבצע אידוי של המים ועיבוי האדים אשר נוצרים כתוצאה מכך, כך שהמים הופכים למוצקים ומתנקים מהחומרים המזיקים שבהם (ובכלל זה המלחים השונים).
מים מזוקקים מיועדים לתעשיות שונות ולתפקודים שונים (למשל המים במערכת הקירור של הרכב) במעבדות השונות ובעיקר אלה הביולוגיות. לצורך הניסויים השונים נדרשים מים טהורים ככל האפשר, אשר מסוגלים לבודד חשמל, מה שמביא את הגורמים השונים בענף זה להעביר אותם מספר תהליכי זיקוק וניקוי.
ישנה מחלוקת לגבי הסיכון לעומת הכדאיות שבשתיית מים מזוקקים. המצדדים טוענים שמים מזוקקים הם המים הטהורים ביותר שבנמצא ויש להם יכולת מוגברת לנקות את הגוף מזיהומים. המתנגדים מזהירים, שמכיוון שריכוז המלחים במים המזוקקים הוא נמוך מאד, הם עלולים לגרום לספיחת מים מוגברת בתאי הגוף עקב תהליכים של השוואת ריכוזים דרך אוסמוזה, וכמו כן לספוח מהגוף מלחים ומינרלים שדרושים לו. לשתי הטענות אין גיבוי מדעי.
