מי הכנרת מתאדים בימי הקיץ החמים בקצב מדאיג של כחצי סנטימטר עד סנטימטר של מפלס ביום, ומליחות המים עולה בהתאם, כך נמסר מרשות המים.
רצף חמשת שנות הבצורת אשר פקדו את המדינה ובחומרה יתרה את צפון המדינה הביאו את מפלס הכנרת בתקופה זו של ראשית הקיץ לגובה של 213.715-, למרות שבשל המצב, צומצמה השאיבה מהכנרת למערכת הארצית כמעט לחלוטין זה כשלוש שנים.
"אף שרק זה מכבר עוד זכינו לקצת גשמים, מפלס הכנרת כיום נמצא כ-71.5 סנטימטרים מתחת לקו האדום התחתון. "על פי קצב ההתאיידות אנו צפויים להגיע לקראת סוף הקיץ בסמוך לקו השחור, כשאיננו יודעים עדיין איך ייראה החורף הבא" אומר אורי שור, דובר רשות המים. "המצאות מפלס הכנרת מתחת לקו האדום לקראת סיומה של עונת הגשמים הנו מצב חריג ומאוד לא טוב. המחסור המצטבר בנפחי מים בכנרת בחמש השנים שחלפו הוא הגדול ביותר המתועד במאה השנים האחרונות".
וברשות המים מציינים כי לירידת מפלס הכנרת ולפחיתה בכמות המים הנכנסים הגורמת לתחלופת מים נמוכה באגם יש השלכות רבות גם על איכות מי הכנרת: ככל שכמות המים הנכנסת נמוכה – רמת מליחות המים בה – עולה.
בשל רצף השנים השחונות נמדדת מגמה מדאיגה של עליית מליחות המים באגם. מליחות מי הכנרת כיום עומדת על כ- 310 מג"ל כלוריד לליטר. המליחות הטבעית של הכנרת הייתה כ-350 מג"ל כלוריד, ובשנת 1964 הגיעה רמת המליחות באגם לכ-400 מג"ל כלוריד.
רמת מליחות זו הינה בעייתית להשקיה חקלאית, ועל כן הוקם בשנת 1967 המוביל המלוח, אשר היטה מי מעיינות מלוחים ומנע את כניסתם לכנרת ובכך הורד משמעותית רמת המליחות באגם מכ-400 מג"ל כלוריד לכ-250 מג"ל.
בשנים האחרונות, בשל הפחיתה בכניסות המים לכנרת וחילוף המים הנמוך חלה עלייה תלולה ברמת המליחות אשר חצתה כבר בשנה שעברה את רמת ה- 300 מג"ל כלוריד (רמה שלא ראינו כבר 50 שנה), הגיע בימים אלו לכ- 310 מג"ל והמליחות צפויה להמשיך ולעלות עד הסתיו לכ- 320 מג"ל.
ללא הפעלת המוביל המלוח ותפיסת מעיינות מלוחים והטייתם (דוגמת מעיין התת ימי פוליה A), מליחות מי הכנרת הייתה עומדת כיום על מעל ל- 400 מג"ל כלוריד, בדומה לרמה בשנת 1965. הטיית המעיינות המלוחים ופרויקט המוביל המלוח ולאחרונה גם שדרוגו מונעים מהכנרת כ- 65,000 טון כלוריד בשנה. הפעלת המוביל המלוח הביאה לירידת ריכוז המליחות באגם בכ- 35%.
ירידת המפלס מרחיקה את קו המים ממקומות המסתור וההטלה של דגי הכנרת, מותירה פחות אזורים המתאימים להטלה, משחררת נוטריאנטים מהקרקעית וגורמת לבעיה אקולוגית ההולכת וגדלה.
אמנון הגליל לדוגמא, שהוא הדג הטבעי והחשוב ביותר במערכת האקולוגית של הכנרת, הראה התאוששות ועלייה הדרגתית במספרם מאז המשבר הגדול של 2008 בה היה מפלס נמוך מאוד (ושלל הדייג של האמנון היה בשיא שלילי) ועד לשנת 2015. משנת 2016 מתחילים לראות שוב ירידה בכמויות האמנונים. לפיכך, ובשל החשיבות האקולוגית של אמנון הגליל המסייע בשמירה על איכות מי הכנרת רשות המים מממנת איכלוס של כמיליון דגיגי אמנון הגליל כל שנה לכנרת.
בנוסף, מפעילה רשות המים מערך פיקוח הדוק על כל גורמי הזיהום באגן היקוות הכנרת, במטרה למנוע כניסת נוטריאנטים עודפים לאגם. בכך מצליחה רשות המים לשמר את המערכת האקולוגית ואת איכות המים בכנרת למרות הירידה הדרסטית בכמות המים הטבעיים הנכנסים לאגם, ירידה אשר גרמה באגמים אחרים בעולם לקריסת המערכת האקולוגית.
