האינטרס של המשרד להגנת הסביבה הוא שהקרקעות בכל ישראל – כולל קרקעות המדינה – ישוקמו באופן המהיר ביותר והבטוח ביותר, מכיוון שקרקע מזוהמת מייצרת נזקים משמעותיים לבריאות האדם, לבטיחותו ולסביבה.
בכל שטח בישראל שהייתה בו בעבר פעילות מסוג זה, תע"ש ומשרד הביטחון אחראים על טיפול ופינוי חומרים נפיצים, כך שלא יישארו כלל באתר. הם אלו אשר מספקים את האישורים באופן סופי שהשטח נקי ובטוח מבחינה זו. רק לאחר מכן, מתחיל תהליך שיקום הקרקע מגזים ומזיהומים.
לפי המידע שנמסר למשרד להגנת הסביבה ממשרד הביטחון ומתע"ש האמונים על הנושא הבטיחותי, לא היו אמורים להיות חומרי נפץ בכל המתחם של תע"ש נוף ים, כולל הבונקרים, שכן טופלו בעבר על-ידי משרד הביטחון ותע"ש.
לאור האירוע החמור, המשרד להגנת הסביבה ידרוש ממשרד הביטחון ומתע"ש לתחקר מחדש את השטח כולו וכל שטח חשוד אחר, לבחון את הנושא הבטיחותי שבאחריותם, ולסלק את כל חומרי הנפץ, על מנת שניתן יהיה להתחיל לשקם את הקרקע בבטחה.
